荧光的原理是某些物质会在高强度的短波长光线照射下，会发出波长稍长的发射光（荧光）。而我们一般都是观察被激发荧光基团所发射出来的波长稍长的发射光（荧光）。但是激发的光会很强，所以我们就需要把激发的光全部滤去，这样才可以看到荧光基团的发射光（荧光）。下面我们简单叙述下关于荧光显微镜的使用原理。
荧光显微镜一般都用高强度的汞灯做激发光源。使用滤色片把不需要的光滤去，只留下激发荧光集团的高强度很纯的光线。这个单色的光线通过物镜照射到样本上之后，样本会被激发出发射光（荧光），荧光和激发光都会沿着物镜光路返回，这样的话，就需要用一个二相色镜把激发光滤去，只让我们需要看到的荧光透过。
注：在荧光显微镜中，核心的是1荧光光源，因为荧光需要高强度的光才可以被激发出来，我们一般都用汞灯，另外还有长寿命金属卤素灯，当然还有激光。2激发块（几个滤色块组成的组件，一般有激发光滤色片、二相色镜、发射光滤色片），因为我们的荧光基团都是在特定波长的光线下才可以激发，并且被激发的发射光也具有特定波长。所以需要选择合适的激发块（主要是选择激发光滤色片、二相色镜、发射光滤色片这三个的可以通过的光线波长等参数）。
另外物镜也对荧光显微镜有很大影响。因为只有较好档次的物镜才可以提供完好的色差矫正。
