荧光显微镜最关键的问题是滤光片的组合，激发滤光片与屏蔽滤片都必须适合于被观察的荧光体并相互匹配。对一些特定用途，选择滤光片若有错误，有可能产生误解，甚至错误的结果。荧光显微技术的成就和高质量滤光片及巧妙配用滤光片组是不可分隔的，荧光显微镜的滤光片种类有以下几种。
1、吸热滤光片
吸热滤光片是防止光源光谱中的热辐射线损伤光具组所必需的滤光片。较早的高级显微镜配备有可装蒸馏水的鼓形瓶充当吸热装置，现代各类大型研究用的显微镜在光源灯箱或叫灯室中都装有玻璃吸热滤光片，这是一种透明的微带黄色的玻璃片，Leitz公司的KG1(2mm)、BG38(4mm)滤光片能够通透近乎所有紫外光和可视光光谱，是通光量可达98%的滤光片。它只选择性吸收红外光热辐射线。
2、激发滤光片
激发滤光片可以选择性吸收长波谱线而只通透紫外线，紫色、蓝色和绿色光线的滤光片为激发滤光片。Zeiss公司、Reichert公司、Olympus公司的B系列、G系列、BG系列，Shott公司的UG系列，Opton公司的H、G、BP系列，Leitz公司的BP系列等滤光片均属激发滤光片。
3、阻挡滤光片
阻挡滤光片是选择性吸收短波谱线和红外线而通透较长波可视线的滤光片，其功能是使观察者能够看到被检物体所激发出来的荧光，同时保护观察者的角膜免遭紫外线伤害。
4、色光分离滤光片
色光分离滤光片是将激发光反射到被检物体上，使被检物体激发出荧光，再将荧光透射到目镜的滤光反射镜。这类滤光片只能用于落射光聚光器中，而透射光荧光显微镜不需要色光分离。
5、干涉滤光片
干涉滤光片是高性能激发滤光片的一种。它是将数张薄层金属膜叠放在抛光的两张玻璃片之间制成的滤光片。每张薄金属膜的折光系数都不相同，因此照明光源的各种不同波长的谱线在每张金属薄膜上反复进行反射，使得某些波长的谱线因相消干涉而抵消，另一些波长的谱线相加干涉而得以加强，并透射过去，这样得到透射波谱很窄、半波峰宽度只有6~20nm.透光度可达到60%~70%的滤光片。
